Prvopočátky útlaku (1.–2. století)

Pronásledování za Nerona bylo ještě spíše nahodilé. Ta hlavní pohroma přišla, když představitelé Římské říše zjistili, že křesťané už nejsou jen židovská sekta, ale stoupenci nového náboženství. Ani nové náboženství by neznamenalo žádný problém – Římané byli zvyklí na mnoho náboženství, jejich říše byla velká. Důležité ale bylo, aby všichni uznávali státní kult.

Židovská válka z let 132–135, takzvané povstání Bar Kochbovo, jasně oddělila křesťany od židů. V městských elitách křesťanů začíná přibývat zhruba o generaci později, kdy se objevují první stoupenci v řadách jezdeckého a senátorského stavu. Jak ukazuje Pliniova korespondence s císařem Trajanem, každému, kdo se s křesťanstvím ztotožnil, hrozilo veřejné odsouzení před římskými úředníky a také nebezpečí násilí ze strany davu.

První velká vlna (249–251)

Od poloviny třetího století až do počátku čtvrtého století římský stát křesťany aktivně pronásledoval. Při prvním velkém pronásledování v letech 249 až 251 zapříčinily údajně požadavky na obětování římským bohům po celé říši smrt tisíců lidí. V mnoha případech rukou rozvášněného davu. Všem, kdo náležitě obětovali, byla vydána potvrzení, takzvaná libelli. Mnoho křesťanů nechtělo ani obětovat bohům, ani podstoupit mučednickou smrt, tak si potvrzení opatřili za úplatek.

Pronásledování kvůli majetku (253–260)

Druhé velké pronásledování ze strany římské moci začalo v letech 253 až 260 a směřovalo původně proti kněžím. Posléze se rozrostlo v likvidaci mužů a žen z vyšších tříd, kteří se odmítli vzdát své víry. Jejich majetek byl zabavován a oni sami byli popravováni, posíláni do vyhnanství či vystavení jiným vážným postihům.

Diokleciánovo dědictví (1. pol. 4. století)

Třetí velké pronásledování, započaté císařem Diokleciánem roku 303, se zaměřilo na ničení míst, kde se křesťané scházeli a na požadavek oběti římským bohům jako testu loajality. Ačkoliv Dioklecián ukončil toto pronásledování na západě už v roce 305, na východě pokračovalo až do vydání Galeriova tolerančního ediktu roku 311 a nakrátko bylo znovu spuštěno během následujícího desetiletí.

Křesťany bylo poměrně snadné rozpoznat, protože se odmítali účastnit státního kultu, který spočíval v sypání kadidla bohům. V důsledku toho nemohli sloužit ve vojsku, kde byly náboženské obřady nedílnou součástí každodenní rutiny. Ze stejného důvodu se setkávali s potížemi, když chtěli převzít nějaké funkce ve státní správě.

Muslimové ve Španělsku (8.–12. století)

Po roce 711 využili muslimští Arabové ze severní Afriky sporů ve vizigótském království na území dnešního Španělska a přes Gibraltar začali pronikat na sever. Brzy ovládli téměř celý Pyrenejský poloostrov a místní křesťané byli konfrontováni s importovaným islámem. Maurové dobyli a vydrancovali mnohá křesťanská města, přesto zpočátku vládla mezi muslimy a velkými křesťanskými náboženskými obcemi relativní tolerance.

Hůř bylo, když chalífát ovládli bojovní Almorávidé, kteří prosadili silný náboženský dogmatismus a nesnášenlivost. Pak mnoho křesťanů (i Židů) uprchlo na sever za Pyreneje a do křesťanského částí Španělska.

Turci v Evropě (14.–20. století)

Od poloviny 14. století začali do Evropy od jihovýchodu pronikat Turci. Postupně dobývali slovanské křesťanské státy. Porážka křesťanské armády roku 1396 u Nikopole znamenala zánik Bulharského státu. A Turci začali jako „daň krve" neboli dervišime odvádět křesťanské chlapce z dobytých míst do státních služeb. Především do vojska, kde se tito „poturčenci" stali základem tzv. janičářského sboru.

Na území Bosny byli křesťané (sekta tzv. bogomilů) donuceni i k přechodu k islámu. Islamizace a pronásledování křesťanů na dobytých územích sílily s tím, jak osmanská říše v 19. a 20. století postupně upadala.

Násilí v Japonsku (16.–17. století)

Pronásledování s cílem zničit katolickou církev v Japonsku začalo v roce 1587. V Nagasaki bylo roku 1597 na rozkaz šóguna Hideyošiho ukřižováno 26 katolíků. Byli mezi nimi jezuitští a františkánští misionáři i laici včetně dětí ve věku 12 a 13 let. Další vlna pronásledování začala v roce 1614. Šógun Daifusama nařídil zbourat všechny zbývající svatyně v zemi. Misionáři a katolíci z významných japonských rodin byli vyhnáni ze země. V září 1622 bylo na hranici upáleno 25 katolíků, z toho 9 jezuitů, 6 dominikánů a 4 františkáni.

Odhaduje se, že do začátku 18. století zahynulo v Japonsku násilně kolem 200 000 věřících.

Umučení misionáři (až 19. století)

Křesťanští misionáři nebyli pronásledováni jen v Japonsku. Jednou z prvních obětí misijního úsilí je třeba náš svatý Vojtěch, pražský biskup, jenž byl propíchnut pohany na své cestě k Baltu mezi slovanské Prusy.

S násilím se misionáři setkávali v Africe, Asii, Jižní Americe a třeba i na území dnešních USA. Roku 1847 došlo u města Walla Walla v dnešním státě Washington během kolonizace amerického Severozápadu k masakru dvou misionářů a dalších dvanácti křesťanů, který měli na svědomí členové indiánského kmene Kajusů a Umatillů. Incident pak vyústil v tzv. kajuskou válku indiánů s osadníky.