To však tajuplné pověsti paláce vůbec neubírá. Místo bylo odjakživa spjato s tajemnými alchymistickými pokusy, díky nimž se také dočkalo svého pojmenování.
Ještě dávno před tím, než císař Karel IV. založil Nové Město, stál na místě Faustova domu palác opavských vévodů. Levobočkové přemyslovské dynastie se již ve 14. století pilně činili ve velkém díle neboli alchymii. Tíživé dluhy je ale na konci 15. století donutily dům prodat.
Nejslavnějším nájemníkem Faustova domu byl na sklonku 16. století Angličan Edward Kelly, velký mág, alchymista a špion královny Alžběty na dvoře císaře Rudolfa II. Pokud se mu ve Faustově domě skutečně podařilo iniciovat ďábla, jak praví legenda, pak mu černý kníže posloužil opravdu čertovsky. Kelly totiž záhy upadl u císaře v nemilost a zemřel jako vězeň na hradě Hněvín u Mostu.
Posledními alchymisty se v domě stali Mladotové ze Solopysk, kterým palác patřil od počátku 18. století. Současní archeologové v domě sice nenašli onu díru ve stropě, kudy ďábel podle pověsti odnesl doktora Fausta, ovšem na různých místech objevili zazděné dětské botičky a kostry zvířat coby pozůstatky skutečných čarodějných experimentů. S chemikáliemi a lektvary se ale v budově pracuje dodnes. V přízemí sídlí lékárna, která má už více než stoletou tradici.
