Po sarajevském atentátu se 13letá Žofie se svými mladšími bratry Maxmiliánem a Ernstem uchýlila na rodinný zámek Konopiště, kde společně přečkali první světovou válku. Nově korunovaný císař Karel I. mezitím jejich rodu udělil knížecí titul, a tím potomky zastřeleného arcivévody posunul v aristokratickém žebříčku o příčku výše.
Veškeré tituly se však po rozpadu Rakouska-Uherska staly bezcennými. V Československu se od prosince roku 1918 nesměly vůbec používat a za rok na to Národní shromáždění rozhodlo o vyvlastnění šlechtických pozemků.
Ačkoli Ferdinandovy děti patřili k rodu Hohenbergů, československé úřady s nimi naložily stejně jako s Habsburky a zabavily jim veškerý majetek. Traduje se, že si z Konopiště směly odvézt pouze troje šaty a jedny boty, a při odchodu je úředníci prošacovali, aby ze zámku náhodou neukradly i nějaké cennosti.
Nejstarší Žofie se přesto rozhodla zůstat v Čechách. V roce 1920 se v Děčíně provdala za hraběte Fridricha Nostice-Rienecka a oddala se rodinnému životu. Postupně se jí narodily čtyři děti - tři synové a jedna dcera.
Maxmilián s Ernstem se přesunuli do Rakouska, kde jim rodinný majetek zabaven nebyl. Oba chlapci ve Vídni vystudovali vysoké školy a s nelibostí sledovali poválečný politický vývoj. Otevřeně se postavili proti Hitlerově nápadu připojit Rakousko k Německu a stali se vůdčími osobnostmi monarchistického hnutí, které prosazovalo návrat starých hodnot a odsuzovalo fašismus. Z tohoto důvodu se jejich jména po anšlusu ocitla na jednom z prvních seznamů nežádoucích osob a oba bratři putovali do vazby.
Na podzim roku 1938 se Maxmilián a Ernst ocitli v pracovním táboře Dachau, kde si na nich dozorci doslova "smlsli". Šlechtický původ dvou mladých vězňů byl všeobecně znám a nacisty motivoval k té nejhorší šikaně: knížata musela odvážet výkaly z latrín a snášet neustálé posměšky a bití.
Po psychické stránce však sadističtí dozorci mladé šlechtice nezlomili. Spoluvězni po válce vzpomínali, že to byl právě Maxmilián s Ernstem, kdo v táboře pozdvihoval morálku, dělil se s ostatními o skromné jídlo a překypoval obdivuhodným optimismem.
Zatímco Maxmiliána nacisté z tábora v roce 1940 propustili, Ernst si ještě musel pobýt další dva roky v táboře Oranienburg. Oba nakonec válku přežili, i když se nucené práce negativně odrazily na jejich zdraví. Ernst zemřel krátce před svými 50. narozeninami, Maxmilián se dožil jen 59 let.
Ze všech sourozenců žila nejdéle Žofie, ačkoli i ona se musela během války vyrovnávat s bolestnou ztrátou: dva z jejích synů zahynuli na východní frontě. V roce 1945 Žofie s rodinou emigrovala do Rakouska. Dožila se 89 let.