V období od května 1942 do října 1943 bylo v německém nacistickém vyhlazovacím táboře Sobibor na území okupovaného Polska zavražděno přibližně 250 tisíc lidí. Gustav Wagner měl za úkol při příjezdu transportů rozhodnout, kteří zadržení půjdou ihned do plynové komory a kteří budou využiti na otrockou práci. Zároveň dohlížel na chod tábora a svévolně týral vězně. Ti, co přežili, ho po válce označili za sadistu, který se neštítil zabíjet děti před očima jejich matek a sourozenců.

Erich Bauer, jenž měl v táboře na starosti technickou údržbu plynových komor, později u soudu uvedl: "Jednou jsem v kantýně zaslechl rozhovor mezi Wagnerem a velitelem tábora Franzem Stanglem. Bavili se o tom, kolik lidí bylo zplynováno v táborech Belzec a Treblinka a vyjádřili politování nad tím, že se Sobibor v této pomyslné soutěži umístil na posledním místě."

V říjnu 1943 vězni využili dne, kdy Wagner v Sobiboru nebyl, a vzbouřili se. Vzpoura byla úspěšná a Wagner o svou "práci" v táboře přišel. Vedení ho pověřilo odstraněním důkazů o existenci tábora, což Wagner provedl skutečně důkladně: všechny pracovníky, kteří Sobibor srovnávali se zemí, po ukončení prací pozabíjel.

Po válce byl Wagner odsouzen k trestu smrti v nepřítomnosti. Přes kolaboranty z řad katolické církve se mu podařilo získat falešný pas a odcestovat do Brazílie, kam se ukryl i jeho bývalý nadřízený Stangl. Zatímco Stangl byl zadržen a vydán do Německa už v roce 1967, Wagnera nikdo nenašel až do roku 1978. Z nejasných důvodů však Wagner uvězněn nebyl a nadále žil ve svém domě v Sao Paulu. V jednom rozhovoru tehdy prohlásil, že svých činů v Sobiboru nelituje. "Židy jsem nezabíjel rád, byla to jen nudná práce," řekl doslova. O dva roky později byl nalezen mrtvý s bodnými ranami v hrudi. Jméno jeho vraha zůstalo neznámé.