Zajíc naplánoval svůj čin na 25. únor 1969 záměrně. Připomínal se únorový puč, který vedl k připojení Československa k sovětskému mocenskému bloku a předznamenal útlak značné části české a slovenské společnosti. Navíc uplynul přesně měsíc od pohřbu Jana Palacha neboli pochodně č. 1. Před svými spolužáky se s plánem, že chce vyburcovat společnost, která po smrti Jana Palacha podle Zajíce znovu upadala do letargie, netajil. Ti však bláznivému nápadu nepřikládali žádný význam a nikdo se nesnažil Jana Zajíce zastavit. "Když jsem slyšela potom rozhovory z toho Šumperka, tak jsem měla pocit, že všichni čekali a ptali se, udělá to? Neudělá to? Dodneška nechápu, že nikdo nezavolal rodině, že nikdo neřekl přijeďte si pro něho a zachraňte ho. To nepochopím. Jako matka to nepochopím," říká v rozhovoru pro Moderní dějiny sestra Jana Zajíce Marta Janasová.

Odhodlaný mladík však den před svým upálením rozdával věci kamarádům a ráno 25. února nasedl do vlaku směr Praha. Ve svém dopise napsal: "Občané republiky Československé! Protože se navzdory činu Jana Palacha vrací náš život do starých kolejí, rozhodl jsem se, že vyburcuji Vaše svědomí jako pochodeň č. 2. Nedělám to proto, aby mne někdo oplakával, nebo proto, abych byl slavný, anebo snad že jsem se zbláznil. K tomuto činu jsem se odhodlal proto, abyste se už vážně vzchopili a nedali sebou vláčet několika diktátory!...Smrt není zlá, strašné je jenom umírání. A toto je pomalé umírání národní svobody. Nenech si, hrdý a krásný český a slovenský lide, diktovat, s kým na věky půjdeš. Vy všichni, na které můj čin zapůsobí a kteří nechcete, aby byly další oběti, uposlechněte následující výzvy! Stávkujte, bojujte! Kdo nebojuje, nevítězí!“

Když si učitel všiml, že Jan Zajíc nepřišel do školy, informoval policii. Ta však reagovala neochotně a na místo dorazila s velkým zpožděním. Mezitím Jan uložil v úschovně na nádraží jeden kufr pro kamarádku Evu Vavrečkovou, která se chtěla upálit na Mezinárodní den žen. Naštěstí zasáhla rodina a dívce sebevraždu rozmluvila. „Lístek z úschovny spolu s dopisem určeným pro Evu a dalšími dopisy na rozloučenou Jan předal spolužákovi Nyklovi, kterého potkal ve vlaku. Na záchodě na nádraží se namazal po celém těle silně hořlavou pastou na parkety, rozloučil se se svými průvodci a pokračoval dál sám,“ uvádí portál Příběh Jana Zajíce.

Z Hlavního nádraží pokračoval směrem na Václavské náměstí až k průjezdu domu číslo 39. Tam si nachystal z vařečky a koudele pochodeň. "Ať moje pochodeň zapálí Vaše srdce a osvítí Váš rozum! Ať moje pochodeň svítí na cestu k svobodnému a šťastnějšímu Československu! Měli jsme dvě šance a obě jsme promarnili! Vytvářím šanci třetí! Nezahazujte ji! Jen tak budu žít dál. Umřel jen ten, kdo žil pro sebe!" Píše v dopise pro obyvatele Československa. Očividně chtěl improvizovanou pochodeň zapálit, vyjít ven na náměstí a tam se upálit. To mu ale nevyšlo, protože vzplanul už v průchodu. Rozběhl se tedy, ale špatným směrem. Místo na náměstí hlouběji do průchodu.

"Právě jsem scházel po pravé straně od Svatého Václava dolů, když jsem zaslechl někoho vykřiknout, že hoří člověk. Já sám nic neviděl, a tak jsem tomu nepřikládal příliš velkou váhu. Poté, co jsem ale popošel dál, jsem uviděl skupinu lidí, kteří ukazovali do průchodu. Byl to asi první nebo druhý průchod mezi domy a mohl mít na délku přibližně 15 metrů. Rozšiřoval se v takové malé vydlážděné prostranství, kde byly čtyři patrové domy a žádný trávník. Po levé straně jednoho z domů byly schůdky k rampě, která byla asi metr vysoká a zajišťovala přístup k takovým plechovým dveřím. Na této rampě jsem přede dveřmi viděl ležet člověka otočeného obličejem ke stěně. Jeho tělo bylo celé popelavé, již nejevilo známky života, ale ještě stále z něj vycházely pramínky šedavého kouře. Podle mých propočtů to muselo být tak pět, maximálně deset minut po činu," řekl pro projekt Moderní dějiny škol kolemjdoucí Miroslav Dvořák.

Média informovala, že sebevraždu upálením spáchal mezi 13:30 až 13:45 mladý člověk. Už přímo na místě policie podle osobních dokladů zjistila, že se jedná o Jana Zajíce. Jeho bratr Jaroslav celou věc velmi prožíval smrt Jana Palacha a zúčastnil i hladovky před pohřbem "pochodně č. 1". Jan Zajíc v dopise na rozloučenu svým příbuzným napsal: "Maminko, tatínku, bratře a sestřičko! Až budete číst tento dopis, budu buď už mrtev, nebo velmi blízko smrti. Vím, jak velmi vážnou ránu vám svým činem způsobím, ale nezlobte se na mne. Želbohu, nejsme na světě jenom sami. Nedělám to proto, že by mne omrzel život, ale právě proto, že si ho až příliš vážím. Svým činem vám ho snad zajistím lepší. Znám cenu života a vím, že je to to nejvyšší. Ale já hodně chci pro vás, pro všechny, a proto musím hodně platit."

Pohřeb Jana Palacha byl obrovskou demokratickou manifestací a Jan Zajíc si přál, aby v jeho případě tomu bylo podobně. Dokonce i ve svém dopise na rozloučenou napsal: "Pohřeb ať mám v Praze, kvůli lidem, bude jich moci více přijet, bude to manifestace světu." Jelikož se ale jeho matka zhroutila a na jeho bratra a otce byl kladen velký tlak, aby byla synova sebevražda utajena, pohřeb se zorganizoval v rodném Vítkově. Na pohřeb však přijeli lidé se Šumperka i z Prahy, kteří s ním drželi hladovku po smrti Jana Palacha. Dohromady jich bylo asi deset tisíc.

"Nesmíte se nikdy smířit s nespravedlností, ať už je jakákoliv. Moje smrt vás k tomu zavazuje. Je mi líto, že už nikdy neuvidím vás, ani to, co jsem měl přes to všechno tak rád. Odpusťte mi, že jsem se s vámi tolik hádal. Jackovi posílám zpátky jeho fotku, měl jsem ho moc rád a vážil jsem si ho. Nejenom jeho, ale vás všech. Nenechte ze mne udělat blázna. Pozdravujte kluky, řeku a les. Sbohem a odpusťte. Honza," napsal Jan Zajíc v dopise na rozloučenou.