Původně se měla jantarová komnata od architekta Andrease Schlütera skvět v zámku Charlottenburg, své místo ale našla v Berlínském zámku. Byla zakázkou pruského krále Fridricha I., který ji v roce 1716 věnoval ruskému caru Petru Velikému, a byla přesunuta do Kateřinského paláce nedaleko Sankt Petersburgu. Tam pobývala až do roku 1941.
S vpádem nacistů na území Sovětského svazu se vojáci wehrmachtu potřebovali někde ubytovat a zvolili právě Kateřinský palác. Protože na to Sověti nebyli připraveni, stala se komnata logickým terčem lupu. Už během 36 hodin ji stihli nacisté rozebrat a nastrkat do 27 beden, které putovaly do Královce (dnes Kaliningradu). O měsíc později se stala součástí Pruské sbírky.
V důsledku požáru jedné z místností zámku se znovu rozebrala a uložila do beden do zámeckého sklepa. Po konci druhé světové války se jantarová komnata vypařila z povrchu zemského.
Ve zlatém vlaku, sklepě, nebo zničená
Jedna z verzí zněla, že se bedny s jantarovou výzdobou stále nacházely ve sklepení bombami poškozeného zámku, chodby byly zasypány sutí a tudíž neprůchozí. Dlouhou dobu se také věřilo, že bedny po požáru v roce 1945 podlehly zkáze. Měly tomu nasvědčovat údajné dokumenty patřící pověřenci jantarové komnaty, znalci to však vyvrátili.
Stále populárnější teorií, a to hlavně po roce 2015, bylo odvezení jantarové komnaty do Berlína speciálním vlakem, převážejícím nacisty ukradené zlato, diamanty a cenná umělecká díla. Vlak se do cílové stanice nedostal a zaplul do rozsáhlého podzemního komplexu Riese pod polským městem Valbřich. Nejeden záhadolog se pokoušel do komplexu dostat a objevit soupravu napěchovanou cennostmi a mimo jiné i bednami s komnatou.
Věrná replika v Kateřinském paláci
Existuje také pravděpodobnost, že se bedny naložily na loď Wilhelm Gustlof, kterou Sověti poslali pod vodní hladinu. Každopádně poslední známé místo jantarové komnaty je zámek v Královci, jeho sutiny ale byly roku 1968 strženy a místo nich postaven Dům sovětů, dnes využíván jako obchodní dům.
V roce 1997 se v Německu objevily dvě původní části jantarové komnaty – komoda a kamenná mozaika. Obě tyto části putovaly k původnímu majiteli, Rusku. Nálezy v Německu mohou být vodítkem, že zbytek komnaty je různě poschováván na území bývalé Německé říše. Původní komnata je dnes oceněna částkou 400 milionů dolarů.
Dokonalou repliku jantarové komnaty lze najít v Kateřinském paláci. Práce probíhaly od roku 1976-2003, podkladem byly černobílé fotografie a jeden jediný barevný originál.