Roku 1370 se v Norimberku koná významná svatba: císař Karel IV. žení svého nástupce Václava s dcerou bavorského vévody Albrechta I. Ženichovi je pouhých 9 let, nevěstě zhruba o pět let více. Jako manželé spolu začnou žít až po Václavově korunovaci římským králem v roce 1376.

Johana Bavorská se rychle učí česky, ale s manželovou rodinou moc dobře nevychází. Nejvíce jí vadí tchánova manželka Alžběta Pomořanská. Když je Václav v zahraničí, Johana se stáhne na hrad v Písku, aby měla od rodiny klid.

Ačkoli to v historických dokumentech není přímo psáno, můžeme předpokládat, že Johaně byla vyčítána neplodnost. Ze svazku s Václavem totiž nevzešel jediný potomek a jak je známo, v dobách minulých byla v těchto případech chyba připisována ženě. Johana se možná uzavírala do sebe právě z důvodu, že ji příbuzenstvo zahrnovalo nepříjemnými dotazy typu: "A kdy přijde děťátko?"

Děťátko nepřišlo a Johanu to muselo mrzet. Zato Václav se netvářil, že by o potomka příliš usiloval. Veškerou lásku věnoval šelmám, které choval v pražské zahradě, a své lovecké psy miloval natolik, že jim dovolil spát v jeho ložnici.

V roce 1385 jeden z jeho psů zaútočil na královského hofmistra Kašpara Kaplíře a zle ho pokousal. O rok později, v noci na 31. prosince 1386, se obětí psího útoku stala sama královna. Zraněním podlehla.

Podle brabantského kronikáře Edmunda de Dyntera "královna prudce vstala z lůžka a s hlukem šmátrala po noční váze", když se na ni pes vrhl a prokousl jí hrdlo. Kronikář dále dodává, že pes měl vzteklinu, a proto se choval nepředvídatelně.

České prameny o této události nehovoří, někteří historici se domnívají, že Johana ve skutečnosti zemřela na mor. Protože ale české prostředí mělo vždy tendenci zobrazovat Václava IV. v lepším světle a jeho drsný životní styl omlouvat, je dost možné, že krvavou noc na Karlštejně záměrně ututlalo.

Jisté je, že Václav IV. nechal své ženě vystrojit honosný pohřeb, ale sám se ho neúčastnil. Žal zapíjel na hradě Žebrák a odmítl návrh aragonského krále Jana, aby se oženil s jeho dcerou. Novou manželku si vyhlédl až po třech letech - stala se jí Žofie Bavorská. Protože i toto manželství zůstalo bezdětné, neplodností zřejmě trpěl Václav, nikoli jeho ženy.