Těžké časy čekaly Josefa Čapka už od 1. září 1939, kdy byl zatčen gestapem v rámci akce Albrecht I., kdy bylo uvězněno i několik dalších přátel Čapka, například Emil Filla, či novinář Ferdinand Peroutka a další. Ihned po zatčení byl Josef Čapek převezen do prvního koncentračního tábora jeho života, do Dachau nacházejícího se u Mnichova.
Putování po táborech
Za necelý měsíc byl pak převezen do jiného tábora, tentokrát do Buchenwaldu, kde strávil další více než dva roky. Právě od roku 1941 začal pro nacisty pracovat. Při práci využil svůj talent, jelikož kreslil rodokmeny členů SS.
Během celého pobytu v koncentračních táborech stál za Čapkem jeden člověk- jeho žena Jarmila. Ze všech sil se ho z místa plného strachu a smrti snažila dostat.
Háchův marný pokus
V únoru 1940 se dokonce společně se sestrou bratrů Čapků, Helenou Palivcovou obrátila na tehdejšího prezidenta Emila Háchu. Ten jim slíbil, že za něj bude bojovat u říšského protektora Konstantina von Neuratha. Bohužel, jeho apelování nemělo žádný efekt. Za dva měsíce přišla odpověď přímo od von Neuratha ve znění: „Na základě Vašeho přání jsem nařídil přezkoumání zatčení malíře a spisovatele Josefa Čapka. Podle výsledků tohoto přezkumu považuji Čapkovo propuštění v současnosti za nemožné..“
Goebbels a Čapek
Další, komu Jarmila psala, je říšský ministr propagandy Joseph Goebbels. V dopise zdůrazňuje, že Josef není stejný jako jeho bratr Karel, jenž veřejně kritizoval nacismus. Píše: „… Jistě není myslitelný takový paradox, že by měl živý trpět za zemřelého, muž, který by mohl dokázat mnoho užitečného, pro toho, jehož dílo už patří jen literárním dějinám…“
Bohužel se opět nedočkala odpovědi. (Zdroj: magazin.aktualne.cz)
Jarmila se ještě několikrát snažila psát na vyšší místa, její prosba však nikdy nebyla vyslyšena.
Vězeňská přátelství a osudný lágr
Její muž mezitím přežíval v několika koncentračních táborech a v jednom z nich se spřátelil s dalším malířem Josefem Dobešem a grafikem z Belgie Hubertem Mauquoyem. Všichni tři pak zaháněli smutek malováním alpských krajinek či květin ve váze.
Zdaleka nejtěžším rokem byl pro Josefa Čapka ročník 1945. Na jeho začátku byl totiž kvůli přicházejícímu konci války převezen do osudného koncentračního tábora Bergen-Belsen.
Naživu byl naposledy spatřen 4. dubna. Na místě vypukla tyfová epidemie, které spisovatel a malíř pravděpodobně podlehl, stejně jako tisíce dalších, kteří skončili v neoznačených masových hrobech. (Zdroj: www.ctidoma.cz)
Ač není zcela jisté, kdy přesně zemřel, tak se zdá, že to bylo jen krátce po 15. dubnu, kdy tábor osvobodily britské jednotky. Jeho tělo se však nikdy nenašlo a tak je téměř nemožné dohledat další informace o jeho smrti. Jarmila dostala od Josefa Dobeše Čapkovy zápisy a verše. Na posledním řádku ve knize jeho deníkových záznamů Psáno do mraků napsal vyčerpaný spisovatel: „A dost. Život se nepíše; žije se." To se mu bohužel nesplnilo.