Jan Mydlář totiž z rodiny katů nepocházel. Jeho strýcem byl bohatý chrudimský měšťan Matěj Mydlář a sám Jan byl poslán do Prahy studovat medicínu. O datu a místu jeho narození se vedou spory. Historik Josef Svátek se domníval, že se narodil v Chrudimi počátkem 60. let 17. století, v městských archivech ale o tom chybí záznam. Vzhledem k tomu, že Mydlář prokazatelně zemřel v roce 1664, odborníci se dnes přiklánějí k názoru, že se musel narodit roku 1572 nebo 1582 - nepřipadá jim totiž pravědodobné, že by se člověk v raném novověku dožil stovky.

Mydlářův původ proto zůstává tak trochu záhadou. Shoda ovšem panuje v tom, že šlo o syna z počestné měšťanské rodiny, kterému se dostalo vybraného vzdělání. Osobně se prý znal s lékařem Janem Jesseniem, jehož velmi obdivoval.

Podle Svátka se Mydlář v mládí zamiloval do Dorotky, patrně dcery svého chrudimského strýce. Ona ho však odmítala a provdala se za postaršího mlynáře, u němož našla velmi dobré finanční zabezpečení. Po čase jí ale nepříliš atraktivní manžel přestal vyhovovat, a tak mu nasypala do jídla jed. Tak aspoň znělo obvinění soudu.

Jan Mydlář nevěřil, že by jeho milovaná Dorotka byla schopna tak strašného činu. Neuvěřil tomu ani poté, co se přiznala na mučidlech a jmenovala dvě báby kořenářky, které jí jed obstaraly. Soud jí udělil trest zahrabání zaživa a její pomocnice ještě týž den shořely na hranici.

Nešťastný Jan se vydal do Chrudimi s plánem Dorotku osvobodit. Do vězení ho za ní ale nepustili, a tak zkusil štěstí u kata. Navštívil ho pod rouškou tmy a požádal ho, aby mu dovolil při popravě asistovat. Kat se tento nápad snažil mladému muži rozmluvit, avšak Jan trval na svém. I za cenu toho, že se nebude smět vrátit mezi slušnou společnost.

Teprve během popravy mu došlo, jak bláhového činu se dopouští. Kat svrhl křičící Dorotu do vykopané jámy a jeho pacholci ji urychleně zasypali těžkou hlínou. Déšť zeminu měnil v bahno a mladá žena se pod ním rychle udusila. Když příšerné divadlo skončilo a všichni odešli, Jan se marně snažil svou milou vyhrabat. Zdrcen se vrátil do katovny a přijal práci katova asistenta.

Díky inteligenci a píli se vypracoval na popravčího Starého města pražského. Oklepal se i z nešťastné lásky a našel si manželku Bětušku, která byla dcerou kata ze Slaného. Po materiální stránce se mu vůbec nedařilo špatně, jeho řemeslo bylo dobře placené, mohl si dovolit hospodyni a služebnictvo. Sociální izolace ho ale trápila. Opovrhování jeho stavem považoval za nespravedlivé a nikdy se s ním nesmířil.

Přetěžký úkol na něj dolehl ve chvíli, kdy měl na Staroměstském rynku popravit 27 českých pánů, mezi nimi i svého někdejšího učitele Jessenia. Mydlář se lékaři nejprve slušně omluvil, než mu dle nařízení vyřízl jazyk a sťal hlavu. Přítomný kněz ocenil, že kat měl s odsouzenci trpělivost a před vykonáním rozsudku je nechal pronést všechny modlitby, které je měly smířit s Bohem.

Snad i díky této empatii se Jan Mydlář stal váženým mužem, který žil na sklonku života stylem až šlechtickým. Řemeslo po něm převzal syn Jan Václav.