Jezero bylo kontaminováno kvůli dlouhé řadě rozhodnutí, která navíc vyvrcholila obrovským výbuchem. Vraťme se ale na začátek, do roku 1945, kdy padlo nařízení vybudovat jaderný kombinát "Majak" s prvním reaktorem pro vytvoření plutonia pro sovětský program na výrobu atomových bomb. Přísně tajnou výstavbou chtěli Rusové dohnat Američany, kteří jako první úspěšně odpálili atomovou bombu v Novém Mexiku. Celý komplex vybudovali za tři roky a ve shonu vyvinout dokonalou atomovou bombu neřešilia bezpečnostní opatření jak pracovníků, tak také životního prostředí.

Na konci studené války bylo funkčních deset jaderných reaktorů, které produkovaly několik tun kontaminovaného materiálu. Reaktory navíc využívaly chladicí systém s otevřeným cyklem, což znamená, že vodu na chlazení brali z jezera, ta protekla celým systémem a vrátila se ozářená zpět do jezera.

Nebezpečným ale byl odpad z reakce - radioaktivní roztok sloučenin včetně dusičnanu sodného a solí octanu sodného. Ten byl chlazen v obrovských skladovacích nádržích a poté byla zbývající směs rozpuštěna v kombinaci vody s chemickou látkou zvanou tributyl fosfát. Tato směs umožňovala pracovníkům selektivně extrahovat vysoké hladiny uranu a plutonia, které mohly být znovu použity. Zanechaly za sebou ale další směs radioaktivního stroncia, cesia a technecia. Stroncium a cesium vyzařují vysoké hladiny tzv. beta paprsků - ionizujícího záření a také hodně tepla. Navíc jejich doba zničení byla delší než materiál skladovacích kádí a tak, aby se odpad ochladil, uložili ho do nedalekého jezera Karačaj.

Jezero bylo využíváno pro tyto účely až do Kyštymské katastrofy v roce 1957, při níž explodovala podzemní nádrž v důsledku vadného chladicího systému a kontaminovala celou oblast okolo Majaku. K události došlo v Ozyorsku v Čeljabinské oblasti, uzavřeném městě postaveném kolem závodu Majak. Měří se jako katastrofa úrovně 6 na mezinárodní stupnici jaderných událostí (INES), což z ní činí třetí nejzávažnější jadernou nehodu, která kdy byla zaznamenána, hned za jadernou katastrofou Fukušima Daiiči a katastrofou v Černobylu (obě úrovně 7 na INES). Nejméně 22 vesnic bylo vystaveno záření a asi 10 000 lidí evakuováno. Někteří byli evakuováni po týdnu, ale trvalo téměř dva roky, než došlo k vyčištění na jiných místech. Katastrofa rozšířila horké radioaktivní částice na více než 52 000 kilometrů čtverečních, kde žilo nejméně 270 000 lidí.

Během dalšího desetiletí se k této katastrofě přidala i další - ekologická. V 60. letech odpadní materiál prosákl do podzemních vod, které byly používány k zavlažování a pití. V roce 1967 začalo navíc, z důvodu nadměrného tepla produkovaným jaderným odpadem, vysychat. Radioaktivní prach ze suchého jezera pak vítr roznášel přes celý jih Sovětského svazu. Nyní však už není jezero nejvíce radioaktivním místem na světě. Co se muselo stát, aby se situace stabilizovala?

Sovětský svaz musel přiznat, že udělal chybu. V 70. a 80. letech byly přes jezero umístěny betonové bloky, aby se zabránilo další větrné erozi. Díky spolufinancování USA a Evropy bylo také zalito cementem, aby se nekontaminovala podzemní voda. V roce 2015 pak bylo znovuopatřeno speciálním druhem betonu, který je odolný vůči radioaktivnímu záření, a nakonec byla v roce 2016 položena vrstva horniny a ornice. I přes tato opatření se pobyt u jezera nedoporučuje. Stále je to totiž aktivní jaderné skladovací zařízení, které si drží příčku sedmého nejradioaktivnějšího místa na naší planetě.