Disciplíny typu astrologie a alchymie byly ještě v raném novověku považovány za vědecké a studovaly se na univerzitách. Vycházelo z nich dokonce i lékařství, které stále uznávalo Hippokratovu teorii o nerovnováze tělesných šťáv jako neochvějné dogma. Příčiny nemocí se hledaly na základě souvztažnosti mezi tělesnými orgány a prvky v přírodě, a podobným způsobem se určovaly i léky.
K nejběžnějším léčebným kúrám patřilo pouštění žilou a klystýry; pokud lékař hledal nové cesty pomocí alchymie, mohl předepsat klidně i nošení amuletu obsahujícího prášek z drahokamů smíchaný s menstruační krví mladé dívky. Bez nadsázky by se dalo říci, že průměrná vesnická bába bylinářka uměla na přelomu 16. a 17. století léčit lépe než soudobý vystudovaný lékař.
Sem tam se ovšem vyskytly učené hlavy, které zastaralou univerzitní výuku kritizovaly. Jednou z nich byl Paracelsus (1493-1541), jenž knihám antických autorů nedůvěřoval a raději vycházel z lidové moudrosti a vlastní zkušenosti. "Kdo se chce učit z přírody, musí si své knihy napsat vlastníma nohama," znělo jeho heslo.
Rudolf II. se proto nedá vnímat jako pomatenec, který věřil každé báchorce a zaplavil Prahu pavědou, naopak šlo o panovníka otevřené mysli, díky němuž měli učenci volné ruce v rozvíjení nových teorií a mohli se začít od starého pavědeckého proudu vymezovat.
Jako třeba Ján Jesenský, zvaný také Jan Jessenius. Tento původem uherský lékař a filosof proslul tím, že v červnu roku 1600 k pohoršení mnoha bohabojných měšťanů provedl na těle oběšence první veřejnou pitvu v Praze. Celý akt rozdělil do pěti dnů, ačkoli se v teplém počasí mrtvé tělo rychle rozkládalo a obtěžovalo diváky zápachem. Samotná pitva žádné nové vědecké poznatky nepřinesla, ale odborné veřejnosti poslala přelomový vzkaz: medici by se měli učit přímo z lidského těla, nikoli z knih.
O rok později vydal Jessenius spis o chirurgických postupech, které odkoukal od lékařů v Itálii, a na základě anatomických poznatků navrhl vlastní procedury. Z hlediska moderní medicíny šlo o významný posun vpřed, protože v německých a českých zemích do té doby veškeré chirurgické zákroky, včetně ošetření zlomenin, prováděli jen lazebníci a kováři. V Německu je Jessenius díky své práci dodnes považován za otce racionální chirurgie.
Jesseniův život pohasl dne 21. června 1621 na Staroměstském náměstí v Praze. Slavný lékař byl jedním z 27 českých pánů popravených za revoltu proti Habsburkům. Kat mu nejprve vyřízl jazyk, potom mu sťal hlavu a nakonec jeho tělo rozčtvrtil a vpletl do kola. Jesseniova smrt jako by symbolizovala i konec dalšího rozvoje české vzdělanosti a ohlásila blížící se dobu temna.