Téhož dne, tedy 9. června, se konal v Berlíně pohřeb zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha. Prominentní nacista zemřel 4. června na následky atentátu, který za dramatických okolností provedli parašutisté vyslaní z Anglie. Finální provedení operace s krycím názvem Anthropoid proběhlo ve středu 27. května v dopoledních hodinách v Praze-Libni ve chvíli, kdy říšský protektor přejížděl z Panenských Břežan do svého úřadu na Pražský hrad. Bezprostředně po atentátu Němci vyhlásili výjimečný stav a stanné právo, během něhož mohl být bez soudu zastřelen prakticky kdokoli. Snahou nacistů bylo co nejdříve najít viníky a pomstít se co možná nejbrutálněji.
Razie, zatýkání i popravy se rozběhly na plné obrátky. Němci však přichystali jako odplatu ještě něco mnohem zrůdnějšího, a to vyhlazení celé vesnice. Nešťastnou shodou náhod a mocenských ambicí nacistického pohlavára Karla Hermanna Franka, jenž usiloval o post nového zastupujícího říšského protektora – nakonec neúspěšně –, byly vybrány jako první právě Lidice. A to i přesto, že zde žádné skutečné důkazy o atentátnících Němci nenalezli. Šlo o exemplární trest, který měl navodit atmosféru strachu a ukázat, co se stane každému, kdo si dovolí postavit se Říši.
Brzy ráno 10. června se muselo téměř dvě stě lidických mužů shromáždit na tamním Horákově statku, kde byli postupně u zdi stodoly v sousedství zastřeleni. Ženy s dětmi nejprve nacisté nahnali do místní školy a následně odvezli do kladenského gymnázia. Zde proběhlo násilné oddělení dětí od matek a jejich následná selekce. Několik málo dětí bylo z rasového hlediska vybráno k adopci a poněmčení. Drtivou většinu pak nacisté poslali do polského vyhlazovacího tábora v Chełmnu.
Ženy byly deportovány do koncentračního tábora Ravensbrück a o osudu svých blízkých se ty, jež toto peklo přežily, dozvěděly až po válce. Německá důslednost nevynechala ani lidické obyvatele, kteří se osudný den nacházeli mimo vesnici. Ani těm nebylo souzeno přežít. Mezitím probíhalo hromadné bourání domů, včetně místního kostela se hřbitovem. Celá vesnice měla být doslova srovnána se zemí, nic nemělo zůstat na svém původním místě.
Dokonce i rybníček na návsi byl zasypán sutí a koryto řeky posunuto. Pro další dny už Lidice nesměly existovat. Celou akci si Němci navíc zdokumentovali a nafilmovali.
Stejně krutý osud potkal o čtrnáct dní později i obec Ležáky na Chrudimsku. Zde nacisté na rozdíl od Lidic nalezli v místním mlýně tajnou radiostanici parašutistické skupiny Silver A, která se podílela na atentátu na Heydricha. V tomto případě Němci popravili ještě týž den 33 dospělých obyvatel. Většina dětí skončila v plynových komorách v táboře v Chełmnu. Usedlosti byly vyrabovány a zapáleny, trosky budov pak později strženy.