Podmínky v Malé pevnosti během druhé světové války se nijak nelišily od těch v koncentračních a vyhlazovacích táborech po celé Evropě. Nedostatečná hygiena, špatné stravovací a ubytovací podmínky a těžké pracovní poměry byly živnou půdou pro mnoho nemocí.

V roce 1940 se lékaři z řad vězňů postarali o zřízení první marodky; před tímto datem se zcela běžně nechávali nemocní nebo zranění v blocích. Z 8 lůžek se do roku 1944 rozrostla na celkem 74 lůžek a vybavila se přístroji a nástroji, i tak byl tento stav naprosto nedostačující, protože nemocný byl téměř každý.

Na tyto problémy a nadměrný počet vězňů upozorňoval velitele věznice Jöckela německý lékař Benno Krönert z Litoměřic. Jöckel se však k problémům stavěl odmítavě a nebyl ochoten je řešit. Z toho důvodu vzešla epidemie úplavice.

Třetina věznice zemřela

Tato nemoc se rozšířila z mužské části věznice do té ženské. Protože Jöckel stále odmítal zasáhnout a zřídit větší marodku, nebyla možnost nakažené izolovat. Ty nejhorší případy byly přemístěny do vzniklé táborové nemocnice, tzv. krankenrevíru. Kapacita lůžek byla také značně omezená, pouze 60 paland, nemocnice navíc nebyla vybavena potřebnými léky ani prostředky, které by zabránily šíření nemocí na pacienty s jinou diagnózou. V konečném důsledku třetina tehdejšího osazenstva úplavici podlehla.

Druhá katastrofa postihla Malou pevnost těsně po zdolání té první. Neznámá a vysoce nakažlivá nemoc se začala šířit ze IV. dvora, který docházel do práce do litoměřické továrny Richard. Po laboratorních testech lékaři identifikovali nemoc jako skvrnitý tyfus. Situaci zhoršily příchozí transporty z evakuovaných táborů, s nimiž se kapacita věznice mnohonásobně překročila. Ke skvrnitému tyfu se záhy přidal i ten břišní. Marodka se kvůli epidemii rozšířila o další tři bloky IV. dvora.

Tyfus léčila i Rudá armáda

Jöckel i nadále ignoroval rady odborníků včetně MUDr. Krönerta, který velitele nabádal ke zřízení přísné karantény. Tlaku podlehl až na konci dubna, několik dní před koncem války v Evropě. Práce v továrně Richard se zastavily a areál pevnosti se uzavřel. Dne 4. května do uzavřeného IV. dvora vpustilo vedení zdravotníky České pomocné akce. Zdravotníkům poté pomáhal každý, kdo dokázal přiložit ruku k dílu včetně příchozí Rudé Armády. Pomoci se dostalo i lidem z ghetta.

Je důležité zmínit, že ne každý, kdo potřeboval lékařský zásah, ho dostal. Vedení věznice před jejím osvobozením odpíralo lékařkou pomoc židovským a sovětským vězňům. Ti se tak museli spolehnout na své české spoluvězně, kteří v polních podmínkách často vykonávali složité zákroky.