Katolická církev měla od dob papeže Řehoře Velikého (asi 540-604) tendenci vyšachovat ze hry veškerý ženský element, s výjimkou neposkvrněné Panny Marie. Učedníky Kristovými byli výhradně muži, zatímco ženy k Ježíši jen zbožně vzhlížely. Máří Magdalénu Řehoř Veliký zařadil mezi lehké děvy, z kterých Ježíš vyhnal sedmero hříchů.

Vzhledem k tomu, že evangelia mnoho osob ženského pohlaví přímo nejmenují, začalo být celé ženské pokolení děleno na dvě skupiny: na počestné panny následující příklad Ježíšovy matky, a na hříšnice lačnící po sexuálním styku, mezi něž svého času podle Řehoře patřila i Máří Magdaléna. Právě ona dávala ženám z druhé skupiny naději, že se mohou z hříchu vykoupit pokáním.

Marie Magdaléna je kromě Panny Marie skutečně jedinou ženou, kterou zmiňují celým jménem všechna čtyři evangelia. Druhé jméno "Magdaléna" odkazuje zřejmě na město Magdala, z něhož pocházela. Badatelé se dnes shodují v názoru, že nešlo o nemajetnou dívku z nižších vrstev, jež by měla zapotřebí prodávat své tělo; Magdaléna se naopak jeví jako nezávislá a dobře zaopatřená žena, která Ježíše a jeho učedníky dokonce sponzorovala.

V každém případě je však doprovázela na cestách a její úloha rozhodně nebyla bezvýznamná. "Ježíše následovaly stovky, ne-li tisíce lidí, jejichž jména neznáme. Marie Magdaléna je však v evangeliích označená jménem, což znamená, že musela být opravdu důležitou osobou," míní profesor Robert Cargill z univerzity v Iowě.

Velkého významu nabyla Magdaléna po Ježíšově ukřižování. Nejenže byla celému procesu osobně přítomna, ale navíc jako první zjistila, že hrob umučeného je prázdný. Zároveň byla první osobou, komu se Ježíš po Zmrtvýchvstání zjevil. Dokonce ji osobně pověřil, aby radostnou zprávu předala jeho učedníkům.

Právě tento bod býval katolickým hodnostářům silně proti srsti, protože nezapadal do jejich učení, že ženě je dovoleno komunikovat s Bohem výhradně skrze svého muže a z tohoto důvodu žena ani nemůže zastávat funkci kazatele a kněze. Ježíš po své smrti přitom se ženou nejen komunikoval, ale dokonce ji učinil první zvěstovatelkou. Vatikánu trvalo 1400 let, než mýlku papeže Řehoře oficiálně přiznal a Magdalénu očistil od stigmatu nevěstky.

V roce 1945 byla v Egyptě objevena tzv. gnostická evangelia, sepsaná ranými křesťany ve 2. století našeho letopočtu. Autoři v nich představují Magdalénu rovnou jako první Ježíšovu učednici, která stála nad dvanácti Apoštoly. "Kristus ji miloval víc než kteréhokoli jiného učedníka a často ji líbával na... (text je v tomto bodě nečitelný, podle badatelů šlo nejspíš o "ústa"). Ostatní učedníky něco takového uráželo a dávali najevo nesouhlas. Říkali mu: - Proč ji miluješ víc než nás všechny ostatní? Spasitel jim odpovídal: - A proč bych vás nemiloval stejně, jako miluji ji?“

Díky tomuto textu se zrodily spekulace o tom, že Máří Magdaléna byla ve skutečnosti Ježíšovou družkou, či dokonce manželkou. V Bibli ani v gnostických evangeliích však není věta, která by to přímo dokazovala.