Marie Anna, zvaná Marianna, se narodila v říjnu roku 1738, pouhý rok po prvorozené Marii Alžbětě. Pro rodiče druhá holčička v řadě znamenala určité zklamání, protože toužili po mužském dědici. O dva roky později malá Marie Alžběta zemřela a panovnici se narodilo děvčátko třetí, které se dožilo sotva jednoho roku. Teprve poté přišel na svět budoucí císař Josef II.

Tříletá Marianna byla v té chvíli odstrčena na vedlejší kolej. Celý dvůr se točil jen okolo bratříčka a na ni samou neměl nikdo čas. Dny trávila s učiteli a vychovatelkami. Nikdo z rodiny si nepovšiml, že Marianna projevuje neobvyklý výtvarný talent, nadprůměrnou inteligenci a se zájmem hltá všechny vědomosti.

Inteligence beztak nebyla vlastností, která by se v královské rodině u dívek nějak cenila. Mladá dcera musela být v první řadě krásná, aby zaujala nějakého vnešeného ženicha. Zadruhé se od ní očekávala slušnost a zdvořilost, aby ženich neutekl, jakmile sličná princezna promluví. Přehnané nároky na vzdělání se na ni nekladly.

Bohužel, Marianna zrovna do krásy nerostla. Měla nepřirozeně dlouhý nos a vedle své další mladší sestry Marie Kristiny působila jako ošklivé káčátko. Marie Kristina bývala odmalička okouzlující a stala se matčiným mazlíčkem. Víc dcer jako by císařovna ani nepotřebovala.

Marianna tím velmi trpěla a snažila se k sobě připoutat pozornost. Často se i rozstonala, což historici zpětně připisují psychosomatickým příčinám. V 18 letech ale onemocněla tak vážně, že jí kněz udělil poslední pomazání. Tuberkulóza napadla páteř a vypadalo to, že se nemocná už na nohy nepostaví. Marianna nakonec chorobu přežila, ale na zádech jí zůstal veliký hrb, který marně skrývala pod šálami a závoji. K tomu ji sužovala dušnost a záchvaty kašle, jichž se už nikdy nezbavila. Naděje, že by se mohla provdat, byla navždy ztracena.

V té době se s Mariannou sblížil její otec František I. Štěpán. Získal pochopení pro její zájem o vědu a umění a všemožně ji podporoval. Zasvětil ji do numismatiky a prováděl s ní různé fyzikální a chemické experimenty. Dvorní rada Ignác Antonín Born ji nadchl pro přírodní vědy a archeologii. Marianna rovněž malovala akvarely, které si získaly v uměleckých kruzích upřímné uznání.

Otcova smrt roku 1765 ji těžce zasáhla. Marie Terezie Marianně o rok později přidělila místo představené Ústavu šlechtičen na Hradčanech s platem 20 000 zlatých ročně, a tím se s nehezkou dcerou rozloučila.

Jenže Marianna o svém životě rozhodla jinak. Cestou na svatbu bratra Leopolda se zastavila v klášteře v Klagenfurtu, kde se jí tak zalíbilo, že se tu chtěla usadit. Matka to zpočátku nechtěla dovolit, ale nakonec dceři vedle klagenfurtského kláštera nechala vystavět palác.

Marianna se sem natrvalo přestěhovala hned pár měsíců po matčině smrti. Mezi řádovými sestrami se cítila šťastná, protože ji nesoudily podle vzhledu, ale oceňovaly její charakter. Takový přístup z císařského dvora neznala. Příbuzní i dvořané se za zády vysmívali jejímu postižení a nikdo ji nebral jako sobě rovnou.

Konečně se mohla svobodně věnovat vědě a dobročinnosti. Sponzorovala archeologické vykopávky, nechala opravit klášterní budovu a rozšířit špitál. Stýkala se s vědci, umělci a svobodnými zednáři. Kvůli chatrnému zdraví a nadváze však byla už ve svých 50 letech upoutána na vozík. Když na podzim roku 1789 zemřela, její majetek zdědil klášter.