Na konci války obsadila tábor Sachsenhausen Rudá armáda a jeho nacistické velitele odevzdala berlínskému soudu. Tábor ale nezůstal prázdný dlouho. Spadal do oblasti, nad kterou podle mezinárodní úmluvy převzal kontrolu Sovětský svaz. Jeho předáci dobře věděli, jak využít početné budovy obehnané ostnatými dráty. Přesunuli sem Zvláštní tábor č. 7, kde byli drženi jak nacističtí zločinci a jejich kolaboranti, tak političtí vězni, kteří brojili proti nastupující komunistické moci.

O dění v táboře mezi lety 1945 a 1950 svět neměl žádné zprávy až do zániku Německé demokratické republiky, kdy se konečně směly otevřít archivy a mohly se zde zahájit výzkumné práce. Teprve tehdy vyšlo najevo, že pod sovětským diktátem v Sachsenhausenu zemřelo na podvýživu a nemoci přibližně 12 tisíc lidí. V souvislosti s výzkumem se také objevilo jméno německého dozorce Reinharda Kunzeho, o němž se Sověti údajně domnívali, že zastřelil Stalinova syna.

Reinhard Kunze se rekrutoval do pozice táborového dozorce v pouhých 17 letech. Do Sachsenhausenu nastoupil počátkem roku 1943 a mimo jiné dostal na starost ostrahu tábora. Každý vězeň, který by se pokusil o útěk, měl být na místě zastřelen. Kunze rozkaz plnil svědomitě.

Někteří vězni, mezi nimi zřejmě také Jakov Džugašvili, však sami od sebe nabíhali na elektrické dráty, protože to pro ně byl jeden z mála možných způsobů, jak dobrovolně ukončit svůj život. Sebevraždu nacisté považovali za špatný příklad pro ostatní uvězněné, a tak sebevrahy raději zastřelili, ještě než k drátům doběhli. Do záznamů se pak zapsalo: "zastřelen při pokusu o útěk".

Není jasné, zda sovětská strana Reinhardu Kunzovi prokázala, že to byl právě on, kdo Džugašviliho zastřelil, či zda se k tomu Kunze přiznal pod nátlakem mučení. Sověti nicméně zřejmě potřebovali pojmenovat viníka. Zatímco jiní méně významní nacističtí dozorci odcházeli od soudu s mírnými tresty, Kunze byl odsouzen na doživotí. Trest by mu byl nejspíš s uvolněním politických poměrů v roce 1956 zmírněn, toho se už ale Kunze nedožil. V Sachsenhausenu podlehl v roce 1948 blíže neupřesněné infekci.

O smrti Jakova Džugašviliho dodnes panuje mnoho dohadů; britské síly se po válce zmocnily nacistických dokumentů, podle nichž Stalinův syn zemřel na následky úrazu elektrickým proudem ještě předtím, než na něj dozorce vystřelil. Existuje však i hypotéza, že Jakovovu smrt nacisté jen zinscenovali s pomocí muže podobné postavy, a pravý Jakov zemřel na následky krutých výslechů hned krátce po svém zajetí.