Během svého působení v německých koncentračních táborech přitom Juana Bormann žádné city neprojevovala. Začínala jako pomocná síla v kuchyni, ambice ji však přivedly na místo dozorkyně. V prvních letech války dohlížela na ženy uvězněné v pracovním táboře Ravensbrück, v roce 1942 pak byla převelena do Osvětimi, kde pomáhala sadistickému lékaři Josefu Mengelemu vybírat, kdo z transportů půjde přímo do plynové komory a kdo se bude hodit pro jeho nelidské experimenty.

Mezi vězni byla známá jako "žena se psy". Po vzoru nacistického vůdce Adolfa Hitlera našla zálibu v chovu německých ovčáků a přestože je později u soudu líčila jako mírumilovné domácí mazlíčky, štvala je proti vězňům, kteří se v jejích očích něčím provinili nebo byli příliš slabí, aby pokračovali v práci. Davy ostatních vězňů pak musely přihlížet, jak psi trhají jejich druhy na kusy.

Juana si také libovala v ponižování vězeňkyň, které se odvážily vzít na sebe lepší oblečení a vypadat lépe. Takové dívky se musely vysvléknout do naha a cvičit na dvoře, přičemž je dozorkyně surově bila holí.

Na samém konci války se Juana přemístila do tábora v Bergen-Belsenu, kde ještě stihla napáchat další zvěrstva. Bývalá vězeňkyně Dora Silberbergová u soudu svědčila, že jí Juana vyrazila několik zubů jen proto, že chtěla pomoci nemocné kamarádce. Dozorkyně pak na Dořinu kamarádku pustila psa, který dívku pokousal tak, že zraněním podlehla.

Na podzim roku 1945 byla Juana Bormann společně s řadou dalších nacistických zločinců postavena před soud. Vyzkoušela si přitom na vlastní kůži, jaké to je, stát se pouhým číslem - během celého procesu musela mít na prsou cedulku s číslem 6. Veškerá obvinění proti své osobě popřela, připustila jen, že v Bergen-Belsenu dohlížela na vězně pracující ve vepříně. Když se jí soudce zeptal, zda jí nepřipadalo divné, že prasata dostávala mnohem více jídla než vězni, odpověděla klidným hlasem: "Vůbec ne. Prasata byla užitečná, dávala potravu."

Rozsudek smrti si vyslechla jako omámená, ale odvolání nepodala. Zemřela rukou kata Pierrepointa 13. prosince 1945.