Smrtící nástroj umístili nacisté do prostor pankrácké věznice. Sekyrárnu vytvořili ze tří původně ubytovacích cel. Řemeslníci místnost obložili bílými kachlíky, aby se krev odsouzenců snadněji smývala. Hlavním velitelem prováděných poprav se stal Alois Weiss, který byl do té doby pomocníkem mnichovského kata Reicharda. Od 5. dubna 1943, kdy byl zahájen provoz sekyrárny, usmrtil 1079 lidí, z toho 155 žen. Většina z nich byla obviněna z tzv. protiříšské činnosti, trest smrti však mohl být udělen prakticky za cokoliv.
Popravy probíhaly v rozmezí několika minut, přičemž hluk padajícího ostří mohli slyšet vězni čekající na chodbě. Všichni se museli svléct, muži do kalhot, ženy do spodního prádla. Ženám byly vlasy svázány či rovnou ustřiženy tak, aby měly odhalený krk. Následně katovi pacholci odváděli jednoho po druhém ke gilotině a pokládali je na lavici. Hlavu dali do naznačeného místa a následně pokynuli katovi, že může spustit sekyru. Hlava spadla do košíku, krvácející tělo se odklidilo a ostří gilotiny omylo. Za chvíli se tak mohlo vesele zabíjet dál. Většinou bylo za den usmrceno šest lidí. Smutný rekord padl 4. srpna 1944, kdy zde o život přišlo 29 odsouzených. V areálu pankrácké věznice neusmrcovala pouze gilotina, trest smrti se zde vykonával také oběšením. Těla byla zpopelňována ve strašnickém krematoriu.
Poslední poprava gilotinou se konala 26. dubna 1945. Konec války se blížil, a tak se nacisté pokusili popraviště a všechny důkazy zničit. Gilotinu rozebrali a její části shodili z Karlova mostu do Vltavy. Po vyhození smrtonosného nástroje umístili do sekyrárny 360 kg výbušniny. Ve stejnou dobu byly v kotelně věznice páleny dokumenty pražského gestapa. Ve věznici čekalo na popravu ještě 55 odsouzenců, včetně tří žen. Hrůzného konce byli ušetřeni, a to díky statečnosti českých dozorců. Podařilo se jim nacisty přelstít, zmocnit se zbraní a uvěznit zaměstnance německého soudu. Právě v pravý čas, neboť ředitel věznice Paul Adam Soppa vyhrožoval, že všechny vězně postřílí. Čeští dozorci nešťastníky čekající v celách smrti osvobodili. Zbývající vězně pak pod nátlakem nacisté propustili. V dalších dnech probíhaly v pankrácké věznici kruté boje nacistů s českými vojáky. Němci nakonec kapitulovali. Cely se pak začaly plnit nejenom německými zajatci, ale taky zrádci českého národa.
Gilotina byla po válce z Vltavy vyzvednuta a sestavena. Umístěna je v prostorách bývalé sekyrárny, která se stala součástí Památníku Pankrác.