I když si udělal tovaryšskou zkoušku, pracoval v továrně na perníky a později v několika cukrárnách v Bayreuthu, Weidenu a Würzburgu, práce cukráře ho nenaplňovala. Fascinoval ho Adolf Hitler a možnosti, které mladým nabízel.

Nebylo mu ani dvacet let, když vstoupil do nacistické strany a o dva roky později do SS. Na místním stanovišti SS ve Weidenu se setkal s budoucím velitelem koncentračního tábora Martinem Gottfriedem Weissem. Pod jeho vedením se stal osobním strážcem řečníků na veřejných setkání nacistické strany v okolních vesnicích. Při svém pozdějším výslechu uvedl, že k SS se připojil, protože se mu „líbila vojenská disciplína a měl radost z hraní si na vojáky." (Zdroj: en.wikipedia.org)

Až do poloviny dubna 1933 pracoval jako pomocný policista ve Weidenu. Pak byl převelen na pozici strážného do koncentračního tábora Dachau.

Jeho cesta vzhůru mohla začít. V koncentračním táboře podstoupil Baer vojenský výcvik, nacistickou ideologickou indoktrinaci a tvrdý výcvik technik systematického teroru proti vězňům. Baer popsal výcvik strážní služby v Dachau jako „velmi přísný“ a jako „ostrý jako břitva“: „Čím více jsme byli tvrdší, tím více jsme na to byli hrdí“, přiznal se při výslechu.

Od prosince 1934 do konce března 1935 vykonával Baer strážní službu v nechvalně známé věznici gestapa zvané Columbia-Haus v Berlíně. Poté byl už jeho život úzce spojen s koncentračními tábory.

Zlom v jeho životě se stal v září 1938, kdy byl povýšen na poručíka SS (Untersturmführer ) a na konci téhož roku vedl první skupinu stráží v nově založeném koncentračním táboře Neuengamme, tehdy ještě dílčím táboře koncentračního tábora Sachsenhausen. V září 1940 se stal dozorcem komanda.

Baer chtěl ale bojovat a zabíjet. Proto na konci roku 1940 požádal o přidělení do první linie. Po ukončení kurzu se stal velitelem roty a byl poslán na východní frontu. O rok později byl však zraněn a převezen domů, do koncentračního tábora Neuengamme. Tam se začal podílet na zabíjení sovětských válečných zajatců ve speciální plynové komoře a na výběru vězňů pro takzvanou operaci 14f13 v programu eutanázie T4.

Když Himmler dostal v listopadu 1943 dopis o tom, že druhý velitel koncetračního tábora v Osvětimi Arthur Liebehenschel je až moc mírný a je ho třeba vyměnit, výběr padl právě na Baera. Stal se třetím a posledním velitelem vyhlazovacího tábora Auschwitz-Birkenau a tuto funkci vykonával od 11. května 1944 až do konečného rozpuštění tábora na počátku roku 1945.

I přesto, že nevládl dlouho, dokázal Baer zprovoznit třetí vyhlazovací rampu v táboře Birkenau. Železniční výběžek podél této rampy vedl až k plynovým komorám a krematoriím II a III. Kromě 430 tisíc maďarských Židů bylo na této rampě vyloženo 67 tisíc Židů z lodžského ghetta a některé transporty z ghetta v Terezíně a ze Slovenska. Od tohoto okamžiku probíhaly v táboře před zraky tisíců vězňů hromadné výběry Židů. Rovněž zde byly vyloženy transporty Poláků z Varšavy během tamního povstání, odeslaných do Osvětimi prostřednictvím tranzitního tábora v Pruském. (Zdroj: auschwitz.org)

Na konci války Baer uprchl a žil poblíž Hamburku jako Karl Egon Neumann. Pracoval jako lesní dělník a díky vyšetřování byl na něj v říjnu 1960 vydán zatykač. Protože se jeho fotografie objevila ve všech něměckých novinách, poznal ho jeden jeho spolupracovník a v prosinci byl zatčen. Na radu svého právníka odmítl vypovídat a ještě před soudním procesem v roce 1963 zemřel na srdeční infarkt.