Záhadologové a příznivci konspiračních teorií se rádi zaobírají myšlenkou, že katolická církev v papežově sídle skrývá materiály, které by ji mohly jednou provždy zkompromitovat, nebo dokonce otřást celou křesťanskou vírou. Kromě důkazů o drastických metodách inkvizice během čarodějnických procesů a bezdůvodném pronásledování templářů se tu prý mohou nacházet i dosud neznámá evangelia, která vyprávějí, že Ježíš zplodil s Máří Magdalenou děti a vůbec nezemřel na kříži. Podle jedné teorie papež ve Vatikánu schovává dokonce i torzo mimozemšťana.

Pro omezení přístupu veřejnosti k vatikánským archivům je ovšem třeba mít určité pochopení. Kdyby fungovaly jako veřejná knihovna, hrozilo by nebezpečí, že by se prastaré a vzácné spisy brzy ohmataly a zničily. Čarodějnickými procesy se církev už zkompromitovala dostatečně a nepopírá chybu ani v případě templářů - i když právě v Tajných vatikánských archívech byl v roce 2001 objeven tzv. Chinonský pergamen, který dokazuje, že papež Klement V. v roce 1308 templáře omilostnil, a jejich poprava tedy byla čistě dílem zlovůle francouzského krále Filipa IV.

Lze také předpokládat, že pokud by se církvi dostaly do rukou dokumenty popírající základní náboženské pilíře, bylo by v zájmu zachování její moci moudřejší je rovnou zlikvidovat, než je skladovat někde v papežových tajných komnatách. Nepřístupné prostory archivů však nedají spát ani odborníkům.

Podle oficiálního stanoviska církve se tu přechovávají spisy a dokumenty natolik postižené časem, že jim hrozí rozpad při pouhém doteku, případně jsou nečitelné a čekají na modernější technologie, které jejich obsah budou schopny rozluštit. Badatelé ale poukazují na fakt, že církev záměrně zpřístupnila jen materiály sepsané před rokem 1939 a dodnes zatajuje komunikaci, kterou vedl kontroverzní papež Pius XII. s fašisty během 2. světové války.

Právě dokumenty z válečného období by mohly vnést světlo do dlouho vedené polemiky o tom, zda Pius XII. s Hitlerem a Mussolinim kolaboroval, nebo zda byl jimi jen umlčen a vydírán. Církevní hodnostáři jsou proto při odtajňování mladších spisů opatrní - nejprve je sami přečtou, utřídí a zhodnotí, než se rozhodnou, které z nich zpřístupní odborné veřejnosti a novinářům.

Papež František otevřel tajné archivy z doby války teprve letos v březnu a řada dokumentů se už dočkala digitalizované podoby. Nikdo ale nemůže vědět, kolik se jich během cenzury "ztratilo" a zda nejsou veřejnosti předkládány jen ty "neškodné".

Obecně se dá nicméně shrnout, že pokud se ve Vatikánu něco tají, je to nejspíš jen vztah papeže Pia XII. k Třetí Říši a jeho tolerance holocaustu. Ke zklamání ufologů je třeba vyjádřit střízlivou domněnku, že kusy mimozemšťanů církev v srdci Říma neschovává.