První nákaza dýmějovým morem se objevila v londýnských docích zřejmě už na podzim roku 1664, kdy ji sem zavlekly lodě z Nizozemí, tuhá zima ale epidemii zastavila. Teprve v dubnu roku následujícího se mor začal nezadržitelně šířit městem. Král Karel II. Stuart se svou rodinou a dvořany narychlo odcestoval do Oxfordu, na venkov utekli i obchodníci a řemeslníci. V létě už v Londýně zůstala jen hrstka konšelů, lékařů a duchovních. Zbyla tu samozřejmě i početná chudina, která neměla kam jít.
Každý nemocný byl uvržen do domácí karantény, dveře jeho domu byly zapečetěny a zeď opatřena výstražným znamením. Předpokládalo se, že morovou nákazu šíří zkažený vzduch, a tak se v ulicích ve dne i v noci udržovaly ohně, jejichž kouř měl ovzduší pročistit. Jako prevence před infekcí se doporučovalo žvýkání a kouření tabáku, který se podával i dětem.
Mrtvých přesto přibývalo. V jediném týdnu úředníci napočítali tisíc mrtvých, o něco později to už bylo 2000, a v září dokonce 7000 obětí za týden. "Ulice jsou liduprázdné. A ti lidé, které potkávám, vypadají, jako by tento svět už dávno opustili," popsal město duchů úředník Samuel Pepys.
Příchod zimy morovou epidemii zpomalil a počátkem roku 1666 se Londýn začal navracet k normálnímu životu. Definitivní tečku za ním však učinil až Velký požár, který metropoli zasáhl v září stejného roku. Šlo o katastrofu, která sice zničila přes 13 tisíc domů a 87 chrámů, ale zároveň zlikvidovala krysy a jejich blechy přenášející bakterii moru. Odhaduje se, že obávaná nemoc v roce 1665 usmrtila zhruba 100 tisíc Londýňanů, což tvořilo celou čtvrtinu londýnské populace.
