Košická vláda přicestovala do Prahy ještě bez prezidenta Edvarda Beneše, který přiletěl až 16. května. V čele vládní delegace byli premiér Zdeněk Fierlinger, ministr národní obrany generál Ludvík Svoboda, místopředseda vlády Klement Gottwald a a ministr vnitra Václav Nosek (všichni se o necelé tři roky později stali hlavními nebo přinejmenším důležitými aktéry komunistického únorového převratu).

Pryč z buržoazního hradu

Po triumfální jízdě Prahou následovala první společná schůze s členy České národní rady na Pražském hradě, z níž si členové rady odnesli podle dobových svědectví pocit silné rezervovanosti ze strany vládních činitelů. Místopředseda ČNR Otakar Machotka charakterizoval postoj členů vlády jako "ostražitost a chlad" (Machotka patřil v únoru 1948 k ministrům, kteří podali protestní demisi proti komunistickému ovládnutí bezpečnostních složek a v březnu 1948 i s rodinou emigroval do Spojených států, aby se vyhnul zatčení).

"Komunisté nejsou spokojeni: Není důstojné, aby vláda pracujícího lidu jednala v buržoazním sídle českých králů! Předseda Zdeněk Fierlinger volá generála Kutlvašra (vojenského velitele pražského povstání, pozn. red.): ´Nejsou tady nějaké hotely pro ubytování členů vlády?´ ´Jsou, ale v nich je ještě plno Němců. Například Alcron.´ ´Tak zajisti Alcron pro vládu!´ První poválečná vláda se tedy stěhuje z ´buržoazně vyhlížejícího´ sídla králů do neméně ´buržoazního´ hotelu," píše v knize Osudové okamžiky Československa spisovatel Karel Pacner.

Následující den se tedy Česká národní rada sešla se členy vlády už nikoli na Hradě, ale v Bartolomějské ulici, kde jí oficiálně předala své dosavadní pravomoci. Vláda se poté rozhodla jmenovat členy rady funkcionáři nově zřízeného Zemského národního výboru v Praze, což byl v podstatě trik, jak zabránit tomu, aby se zástupci domácího odboje dostali přímo do vlády.

Prezidium České národní rady (ČNR) se následně sešlo s vládními činiteli ještě jednou, aby si na jejich chování k představitelům domácího odboje stěžovalo, ale tato iniciativa mu nebyla příliš co platná. "Nemůžete se dočkat ministerského křesla!" napadl kvůli této stížnosti komunistický ministr Václav Kopecký skromného a politicky neambiciózního předsedu ČNR profesora Alberta Pražáka. (Také Pražák, který byl do čela České národní rady zvolen jako politicky neangažovaná osobnost koncem dubna 1945, upadl u komunistů v nemilost, mimo jiné kvůli svému iniciativnímu postupu během povstání, kdy navzdory komunistickým hlasům v radě dohodl s německým velitelem Rudolfem Toussaintem odchod německých vojsk z Prahy 8. května. V roce 1949 musel odejít z univerzity, kde učil, a od roku 1951 byl v důchodu. V roce 1956 prakticky v zapomnění zemřel.)

Neomalené jednání komunistických ministrů bylo zlověstnou předzvěstí toho, co se na území Prahy začalo v následujícího hodinách dít.

Rusové likvidují vlasovce

První obětí nových poměrů v Praze se stali příslušníci 1. divize Ruské osvobozenecké armády (takzvaných vlasovců) generála Sergeje Buňačenka. Někdejší ruští vojáci, kteří padli do německého zajetí a z donucení i dobrovolně přešli v roce 1944 pod velením generála Andreje Andrejeviče Vlasova na německou stranu, se během pražského povstání přidali k povstalcům a jejich dělostřelecký oddíl významně pomohl zejména při obraně levobřežní části Prahy (například Zlíchova, Smíchova, Jinonic, Hlubočep a dalších čtvrtí) proti koordinovanému útoku nacistických SS divizí a wehrmachtu na Prahu dne 7. května 1945, kdy zde zabránil esesákům proniknout do středu města.

Ještě 7. května se však ČNR na nátlak svých komunistických členů od vlasovců distancovala, a ti se tak od 8. května stahovali z Prahy směrem k americkým pozicím v západních Čechách. V Praze zůstalo v nemocnicích jen přes sto těžce raněných členů Buňačenkovy divize, kteří byli neschopni transportu - nejvíc jich leželo ve vojenských barácích v Motole.

Přestože vojenské velitelství Bartoš sbíralo ještě 10. května přímluvné zprávy ze svých jednotlivých úseků o významné pomoci vlasovců a o jejich přispění k osvobození jednotlivých částí města, v nemocnicích už úřadovali příslušníci sovětské vojenské kontrašpionáže Směrš a tajné služby NKVD. Raněné vlasovce vyvlékali z postelí a zvěrsky ubíjeli. K jedné z hromadných poprav vlasovců mělo dojít mimo jiné v pražských Jinonicích, ironií osudu jen nedaleko od areálu továrny Waltrovka, v níž během povstání štáb Ruské osvobozenecké armády (ROA) sídlil a kde také jednal s Českou národní radou.

"Už od dětství jsem slýchával od svého otce, že v Jinonicích pod skálou na Vidoulích je hromadný hrob s vlasovci, které tam na konci 2. světové války popravili rudoarmějci," vzpomínal před časem v novinách Jinonický kurýr místní rodák Jiří Štěpina.

Dalších zhruba 150 ubitých vlasovců skončilo podle někdejšího účastníka pražského povstání a průvodce průzkumné čety 2. pluku 1. divize vlasovců Stanislava A. Auského v neoznačené jámě na Olšanských hřbitovech, kde je dnes připomíná památník.

Ani ty vojáky ROA, kteří se stačili z Prahy stáhnout, nečekala svoboda, v níž doufali. Ještě 10. května se sice dostali i s Vlasovem a Buňačenkem do Lnářů, které byly tou dobou pod kontrolou amerických vojsk, nesměli už ale překročit demarkační linii, propustnou jen do půlnoci 8. května. Americký velitel města kapitán Donahue oznámil Vlasovovi, že 12. května bude celý prostor Lnáře odevzdán Rudé armádě a že nemá povolení jeho divizi za demarkační čáru pustit. Nabídl mu volný odchod do britského sektoru s transportem britských válečných zajatců, ale Vlasov odmítl. Ráno 12. května pak Donahue Vlasovovi definitivně sdělil, že divize za demarkační linii nemůže, a neoficiálně mu poradil, aby se jeho vojáci pokusili přejít na západ v malých skupinkách.

Vlasov poté skutečně vydal rozkaz, aby byl jeho pluk rozpuštěn a vojáci odešli do jižního Německa v malých skupinkách. Sám pak měl být ve dvě odpoledne, kdy měla celý prostor převzít Rudá armáda, převezen na velení americké armády k pohovorům. Kolonu, která ho vezla, ale zastavil podle pozdějšího svědectví Vlasovova důstojníka osobní stráže Igora Pekarského na kraji obce vůz se sovětským kapitánem Jakuševem, který si Vlasova navzdory americkým protestům vyžádal a odvezl. Pekarskému se sice údajně podařilo během dohadování Rusů s Američany doběhnout pro Donahueho, který okamžitě zamířil na místo sporu, bylo už ale pozdě - Rusové i s Vlasovem byli pryč. Generál Vlasov byl posléze souzen v Moskvě za vlastizradu a 2. srpna 1946 byl spolu s 11 dalšími odsouzenými popraven.

Ze zbylých vojáků ROA se přechod demarkační linie podařil zřejmě jen malé části, většina padla do rukou Rusů. "Nebylo možné získat ani přibližný přehled, kolika mužům této divize se skutečně podařilo projít, a také nechci vědět, jaké otřesné události se tu odehrály. Bojím se totiž, že velká část těch, kteří se pokusili uprchnout, byla dostižena a převálcována rychle nastupujícími sovětskými jednotkami. Já sám jsem s kamarády musel vynaložit velké úsilí, abychom se dostali motorizovaně bez úhony tak daleko na západ (Sušice), abychom byli přivedeni do amerického zajateckého tábora, který byl složen ze západních zajatců, a nebyl proto předán Sovětům," uvedl ve své poválečné zprávě německý major Helmut Schwenninger, který byl v závěru války v úzkém kontaktu s ROA jako velitel styčného velitelství.

"Nikdo neví, kolik z těch, kteří se jako já zachránili v americkém zajetí, bylo pak vydáno Sovětům. Osobně jsem byl v táboře Landshut svědkem tragédie vydání tří Vlasovových generálů, které jsem znal, a svědkem jednoho šokujícího pohledu na sebevraždu. Ale tyto operace jsou známé a není třeba více mého popisu," uvedl ještě Schwenninger.

Tragédie "bílých emigrantů"

Oddíly NKVD a Smerš také začaly v Praze zatýkat takzvané "bílé" emigranty, kteří utekli z Ruska po bolševické revoluci v roce 1917. Sovětská moc přitom nebrala žádný ohled na to, že většina těchto emigrantů už měla z předválečné doby československé občanství. Jejich zřejmě nejprominentnějším "úlovkem" se stal generál Sergej Vojcechovský, někdejší velitel československých legií v Rusku a pozdější náčelník československého Hlavního štábu, který v době mnichovské krize velel I. československé armádě. Dne 12. května 1945 ho v Praze zatklo komando NKVD a následně byl zavlečen do Sovětského svazu. Zemřel 7. dubna 1951 v ústřední nemocnici gulagu Ozerlag v Tajšetském okrese. Jako příčina smrti byla ve vězeňském spise uvedena "tuberkulóza a sešlost věkem".

Podle organizace "Oni byli první", která v 90. letech pátrala po osudech těchto unesených občanů, zavlekli Sověti z Československa do sibiřských koncetráků pět tisíc lidí, většinou staršího věku. Československá vláda sice zprvu proti těmto bezprávným aktům protestovala, ale neudělala žádný razantnější krok. Domů se nakonec vrátilo (často až po mnohaletém věznění) jen několik desítek zavlečených.