Morehouse vzal opuštěnou loď do vleku a dotáhl ji na Gibraltar, kde se ihned rozjelo vyšetřování. Generální prokurátor usoudil, že Morehouse se svými muži posádku Mary Celeste zamordovali a okradli. Svůj názor musel ale záhy přehodnotit, protože okolnosti nenasvědčovaly ani násilnému činu, ani loupeži.
Mary Celeste směřovala do Janova, kde měla vyložit náklad 1700 sudů denaturovaného alkoholu. Řídil ji zkušený kapitán Benjamin Briggs, který vzal na cestu i svou manželku Sarah a dvouletou dceru Sophii. V Americe nechal jen sedmiletého syna Arthura, který už chodil do školy. Do posádky vybral sedm mužů s nejlepšími referencemi. Loď nechal před vyplutím precizně zrenovovat.
S kapitánem Morehousem ho pojilo přátelství. Nejevilo se jako pravděpodobné, že by Morehouse svého kamaráda zavraždil i s jeho manželkou a dítětem. Z lodi se navíc neztratily žádné cennosti, a nutno říci, že Sarah Briggsová jich vezla poměrně dost. V lodi se nenašly ani stopy po zápasu, žádné sklo nebylo rozbito. Chyběl jen záchranný člun.
Zdálo se, že posádka opustila loď v reakci na nějaké nebezpečí. Poslední zápis v lodním deníku byl datován 25. listopadu. Toho dne už měla mít Mary Celeste na obzoru pevninu. Ostatně by ani nebylo logické, aby kapitán spustil záchranný člun na otevřeném moři. Pokud ale posádka nasedla na člun v dosahu pevniny, proč o ní nikdo více neslyšel?
Otázkou také zůstává, jaké nebezpečí mohlo námořníky přimět k tak rychlému opuštění lodi. Do podpalubí sice zatékalo, ale loď tím nebyla bezprostředně ohrožena. Na lodi se nicméně našlo rozmontované čerpadlo, které zřejmě v průběhu plavby přestalo fungovat a muži se ho snažili opravit. Bez fungujícího čerpadla kapitán nemohl zjistit, kolik vody se v podpalubí nachází - kvůli velkému nákladu to nešlo odhadnout ani pouhým okem. Jedna z teorií proto tvrdí, že Briggs nechtěl riskovat potopení lodi, a tak raději spustil člun. Takové panické jednání by však nebylo na místě - loď se ještě zdaleka nepotápěla, a to zkušený kapitán určitě věděl.
Zmizení posádky Mary Celeste je záhadou dodnes. Pokud vyloučíme zjevení mořské příšery a únos mimozemšťany, nezbude nám mnoho variant, co se mohlo osudného listopadového dne odehrát. Není ani pravděpodobné, že by Briggs své zmizení záměrně naplánoval a začal nový život ve Španělsku. Proč by v tom případě nechal svého syna u babičky v Americe? Případ Mary Celeste zkrátka zůstává otevřený.
